Pour mener ses différentes actions conservatoires et de valorisation du site, la Citadelle - Patrimoine mondial, direction municipale de la Ville de Besançon, reçoit l'aide de partenaires publics et de mécènes privés, de manière régulière ou sur des actions ponctuelles ciblées.
Les partenaires publics :
L'Union Européenne
L'Etat, ministère de la Culture, DRAC de Franche-Comté
La Région Franche-Comté
Le Conseil Général du Doubs
La Communauté d'Agglomération du Grand Besançon
Les mécènes privés, regroupés dans un "Club d'entreprises partenaires" :
- GROUPE CAISSE DES DEPOTS
- EGIS RAIL
- FONDATION ENGIE
- GROUPE BONNEFOY
- LA FRANCE MUTUALISTE
- LA POSTE
- MOYSE DEVELOPPEMENT
- ORANGE
- PATEU ROBERT
- SECIP
- SMCI
- SUEZ ENVIRONNEMENT
