Le collezioni del Museo della Franca Contea devono molto a un uomo: l’abate Jean Garneret. Ispirandosi al modello scandinavo, si dedicò all’etnologia sul campo per salvaguardare un mondo che stava scomparendo, sotto l’effetto dei grandi mutamenti economici e sociali del secolo: a partire dagli anni ’30, raccolse oggetti testimoniali della vita della Franca Contea, dapprima di propria iniziativa e poi su richiesta della Direzione dei Musei di Francia e del Museo Nazionale delle Arti e delle Tradizioni Popolari.
Fondato nel 1946 e ospitato nella Cittadella dal 1960, il Museo della Franca Contea arricchisce le proprie collezioni grazie alle numerose donazioni di privati. Senza dimenticare l’associazione Folklore comtois e il suo ruolo fondamentale: nel 2007, ad esempio, ha donato alla Città di Besançon un’importantissima collezione di negativi.
In parte digitalizzate, alcune collezioni sono disponibili online sul sito «Mémoire vive» della Città di Besançon e sul Portale delle Arti delle Marionette.
