Le collezioni del Museo della Franca Contea devono molto a un uomo: l'abate Jean Garneret. Ispirato dal modello scandinavo, si dedicò all'etnologia sul campo per salvaguardare un mondo che stava scomparendo sotto l'effetto dei grandi cambiamenti economici e sociali del secolo: a partire dagli anni '30, raccolse oggetti testimoni della vita della Franca Contea, di propria iniziativa e poi su richiesta della Direzione dei Musei di Francia e del Museo Nazionale delle Arti e delle Tradizioni Popolari.
Fondato nel 1946 e situato nella Cittadella dal 1960, il Museo della Franca Contea arricchisce le sue collezioni grazie alle numerose donazioni di privati. Senza dimenticare l'associazione Folklore comtois e il suo ruolo preponderante: nel 2007, ad esempio, ha donato alla città di Besançon un'importantissima collezione di negativi.
In parte digitalizzate, alcune collezioni sono disponibili online sul sito Mémoire vive della città di Besançon e sul Portale delle Arti della Marionetta.
