Le collezioni del Musée comtois devono molto a un uomo: l 'abbé Jean Garneret. Ispirandosi al modello scandinavo, intraprese un'etnologia sul campo per salvaguardare un mondo che stava scomparendo sotto l'impatto dei grandi cambiamenti economici e sociali del secolo. A partire dagli anni Trenta, raccolse oggetti testimoni della vita comtois, di propria iniziativa e poi su richiesta della Direction des Musées de France e del Musée National des Arts et Traditions Populaires.
Creato nel 1946 e ospitato alla Citadelle dal 1960, il Musée comtois ha arricchito le sue collezioni grazie a numerose donazioni di privati. Senza dimenticare l'associazione Folklore comtois, che ha svolto un ruolo fondamentale nello sviluppo del museo: nel 2007, ad esempio, ha donato alla città di Besançon un'ampia collezione di negativi.
Alcune delle collezioni sono state digitalizzate e sono disponibili online sul sito Mémoire vive della città di Besançon e sul portale delle arti marionettistiche.