コムトワ博物館のコレクションは、ある人物、ジャン・ガルネレ神父に大きく負っています。スカンジナビアのモデルに触発され、彼は、世紀の大きな経済的・社会的変化の影響で消滅しつつある世界を守るため、現地での民族学研究に乗り出しました。1930年代から、彼は自らの主導で、そしてフランス博物館局および国立民俗芸術博物館の依頼を受けて、コンテ地方の生活に関する資料を収集しました。
1946年に創設され、1960年からシタデルに拠点を置くコムトワ博物館は、多くの個人からの寄贈によりそのコレクションを充実させています。また、コムトワ民俗協会も重要な役割を果たしており、例えば2007年には、非常に重要なネガのコレクションをブザンソン市に寄贈しました。
一部のコレクションはデジタル化され、ブザンソン市のウェブサイト「Mémoire vive」や「Portal des Arts de la Marionnette」でオンライン閲覧が可能です。
