Die Sammlungen des Musée comtois verdanken einem Mann viel: dem Abbé Jean Garneret. Inspiriert vom skandinavischen Modell begann er mit der ethnologischen Feldforschung, um eine Welt zu bewahren, die unter dem Einfluss der großen wirtschaftlichen und sozialen Veränderungen des Jahrhunderts zu verschwinden drohte: Ab den 1930er Jahren sammelte er auf eigene Initiative und später auf Anfrage der Direction des Musées de France und des Musée National des Arts et Traditions Populaires (Nationalmuseum für Kunst und Volkstraditionen) die Zeugnisobjekte des Lebens in der Franche-Comté.
Das 1946 gegründete und seit 1960 in der Zitadelle untergebrachte Musée comtois bereichert seine Sammlungen dank zahlreicher Schenkungen von Privatpersonen. Nicht zu vergessen die Association Folklore Comtois und ihre herausragende Rolle: Sie schenkt beispielsweise 2007 der Stadt Besançon eine sehr bedeutende Sammlung von Negativen.
Einige Sammlungen sind zum Teil digitalisiert und online auf der Website Mémoire vive der Stadt Besançon sowie auf dem Portal der Puppenspielkunst verfügbar.