Die Sammlungen des Musée comtois verdanken einem Mann viel: Abbé Jean Garneret. Inspiriert vom skandinavischen Vorbild begann er mit der Feldforschung in der Ethnologie, um eine Welt zu bewahren, die unter dem Einfluss der großen wirtschaftlichen und sozialen Veränderungen des Jahrhunderts im Verschwinden begriffen war: Ab den 1930er Jahren sammelte er auf eigene Initiative und später auf Wunsch der Direction des Musées de France und des Musée National des Arts et Traditions Populaires Objekte, die Zeugnisse des Lebens in der Franche-Comté waren.
Das 1946 gegründete und seit 1960 in der Zitadelle untergebrachte Musée comtois erweitert seine Sammlungen dank zahlreicher Spenden von Privatpersonen. Nicht zu vergessen ist auch der Verein Folklore comtois und seine wichtige Rolle: So schenkte er beispielsweise 2007 der Stadt Besançon eine sehr bedeutende Sammlung von Negativen.
Einige Sammlungen sind teilweise digitalisiert und online auf der Website Mémoire vive der Stadt Besançon sowie auf dem Portal für Puppenspielkunst verfügbar.
