Die Sammlungen des Musée comtois verdanken einem Mann sehr viel: Abbé Jean Garneret. Inspiriert vom skandinavischen Vorbild widmete er sich der Feldforschung in der Ethnologie, um eine Welt zu bewahren, die unter dem Einfluss der großen wirtschaftlichen und sozialen Umwälzungen des Jahrhunderts im Verschwinden begriffen war: Ab den 1930er Jahren sammelte er auf eigene Initiative und später auf Wunsch der Direction des Musées de France sowie des Musée National des Arts et Traditions Populaires Objekte, die das Leben in der Franche-Comté dokumentieren.
Das 1946 gegründete und seit 1960 in der Zitadelle untergebrachte Musée comtois erweitert seine Sammlungen dank zahlreicher Spenden von Privatpersonen. Nicht zu vergessen ist dabei der Verein „Folklore comtois“ und seine maßgebliche Rolle: So schenkte er beispielsweise im Jahr 2007 der Stadt Besançon eine sehr umfangreiche Sammlung von Negativen.
Teilweise digitalisiert, sind einige Sammlungen online auf der Website „Mémoire vive“ der Stadt Besançon sowie auf dem Portal „Portail des Arts de la Marionnette“ verfügbar.
