1793
                Premières traces du Muséum d’histoire naturelle de Besançon, qui sera ensuite considérablement enrichi par les collections de la Faculté des sciences. 
             
                    
                1801
                Premier inventaire, qui atteste de l’existence d’un cabinet de sciences naturelles, qui sera géré ensuite par l’Ecole centrale jusqu’en 1810. 
             
                    
                1943
                Cohabitation d’un “Muséum Jurassien” (collections de zoologie, entomologie et botanique) et d’un Musée de géologie (géologie, minéralogie et paléontologie) à la Faculté des Sciences. Ces deux musées passent sous tutelle municipale en 1945. 
             
                    
                1959
                Installation du musée à la Citadelle, où il ouvre une grande exposition 
d’entomologie.
             
                    
                1962
                Première exposition zoologique et botanique vivante.
             
                    
                1975
                Création de l’Aquarium dans le “Petit Arsenal”.
             
                    
                Années 1980
                Jusqu’ici, le zoo n’a eu d’autre ambition que de distraire ses visiteurs en montrant des animaux vivants de la faune locale ou étrangère. On pouvait y voir des bisons, des lions, des panthères, des loups, des zèbres, des ours, des chimpanzés et même… des éléphants ! Dans les années 1980, le parc zoologique prend un nouvel élan avec de nouveaux objectifs : afin d’améliorer les conditions d’hébergement et d’élevage des animaux, les plus grosses espèces sont peu à peu transférées dans d’autres zoos disposant de plus grands espaces.
             
                    
                Début des années 90
                Intégration du zoo au Muséum de Besançon, dont il se rapproche peu à peu par des missions scientifiques. Au sein de cet ensemble, les missions du futur Jardin zoologique ne sont plus seulement le divertissement, mais aussi l’explication du vivant (comprendre le monde animal), la recherche (l’étude du comportement animal par exemple) et la conservation des espèces menacées.
             
                    
                1992
                Création de l’Insectarium : punaises, dynastes, dytiques et nèpes, criquets, phasmes, cétoines, grillons, scorpions, blattes, mygales… Ce sont des dizaines de milliers d’insectes et autres arthropodes, appartenant à plus de quatre-vingt espèces différentes, qui s’offrent au regard des visiteurs. Depuis cette date, le Muséum de Besançon continue aujourd’hui d’entretenir cette démarche originale : abritant une impressionnante collection d’histoire naturelle (plus d’un million d’objets : fossiles, animaux naturalisés, herbiers…), il s’affirme comme un lieu de conservation et d’éducation, permettant non seulement d’alimenter la recherche (en taxonomie et génétique, en physiologie de la reproduction, en sciences vétérinaires, en éthologie…), mais aussi de sensibiliser le visiteur au respect de l’environnement et à la préservation de la biodiversité.
             
                    
                1996
                Création du Noctarium : grâce à une inversion du cycle jour-nuit, le visiteur peut surprendre la vie nocturne de dizaines de petits mammifères et amphibiens de nos régions.
             
                    
                1998
                Création du “Parcours de l’Evolution” : espace reconstituant les principaux maillons de l’évolution du monde animal grâce à des collections naturalisées et ostéologiques, depuis les poissons les plus primitifs jusqu’aux mammifères les plus évolués / Une première phase de travaux qui conduit à la création d’un nouveau parc à tigres de Sibérie, d’un parc à macaques japonais et d’une P’tite ferme, lieu ludique de contacts privilégiés entre les enfants et des petits animaux domestiques.
             
                    
                2003
                Travaux de rénovation du zoo : parc des fauves (lions et tigres) et fossé 
des primates.
             
                    
                2004
                Rénovation du secteur des oiseaux avec la création d’une grande volière.
             
                    
                2017
                Ouverture du 
Naturalium, qui présente une nouvelle exposition permanente entièrement consacrée à la biodiversité. En symbiose avec les différents espaces animaliers du Muséum (Jardin zoologique, Aquarium, Insectarium, la Petite Ferme et Noctarium), le Naturalium sensibilise petits et grands à la richesse de la biodiversité aussi bien locale qu’internationale, à l’importance de son évolution permanente, aux menaces qui pèsent sur les milieux et les espèces et aux actions entreprises pour leur sauvegarde.
 
             
                    
                2021
                Rénovation de l’Aquarium, pour une mise en valeur des différents écosystèmes aquatiques du Doubs, ainsi que la faune et la flore d’une diversité remarquable qu’ils abritent.