Les collections du Muséum sont importantes et couvrent différents domaines des sciences de la Vie et de la Terre. Le Muséum de Besançon fait partie des dix premiers muséums sur le territoire national pour l’importance de ses collections. Son originalité tient à la diversité de ses collections vivantes et naturalisées.
Les collections naturalisées en présentation et en réserves sont essentiellement constituées de :
Les collections vivantes représentent environ :