Las colecciones del Museo de la Comté le deben mucho a un hombre: el abad Jean Garneret. Inspirándose en el modelo escandinavo, se lanzó a la etnología de campo con el fin de preservar un mundo que estaba desapareciendo, bajo el efecto de los grandes cambios económicos y sociales del siglo: a partir de la década de 1930, recopiló objetos que daban testimonio de la vida en la región de Franche-Comté, primero por iniciativa propia y luego a petición de la Dirección de Museos de Francia y del Museo Nacional de Artes y Tradiciones Populares.
Creado en 1946 e instalado en la Ciudadela desde 1960, el Museo de la región de Franche-Comté enriquece sus colecciones gracias a las numerosas donaciones de particulares. Sin olvidar a la asociación «Folklore comtois» y su papel fundamental: por ejemplo, en 2007 donó una colección muy importante de negativos al Ayuntamiento de Besançon.
Algunas colecciones, digitalizadas en parte, están disponibles en línea en la página web «Mémoire vive» del Ayuntamiento de Besançon y en el Portal de las Artes de la Marioneta.
