Las colecciones del Museo Comtois le deben mucho a un hombre: el abad Jean Garneret. Inspirándose en el modelo escandinavo, se lanzó a la etnología de campo con el fin de preservar un mundo que estaba desapareciendo, bajo el efecto de los grandes cambios económicos y sociales del siglo: a partir de los años 30, coleccionó objetos testimoniales de la vida de la región de Franche-Comté, por iniciativa propia y luego a petición de la Dirección de Museos de Francia y del Museo Nacional de Artes y Tradiciones Populares.
Creado en 1946 e instalado en la Ciudadela desde 1960, el Museo de Comté enriquece sus colecciones gracias a numerosas donaciones de particulares. Sin olvidar la asociación Folklore comtois y su importante papel: en 2007, por ejemplo, donó una importante colección de negativos a la ciudad de Besançon.
Algunas colecciones, parcialmente digitalizadas, están disponibles en línea en el sitio web Mémoire vive de la ciudad de Besançon y en el Portal de las Artes de los Títeres.
